A történet középpontjában egy különös fiatalember áll, a 18. század Párizsában megszülető Jean-Baptiste Grenouille, akit bámulatos tehetsége a szagok érzékeléséhez és saját szagának megmagyarázhatatlan hiánya kívülállóvá tesz a társadalomból. A gazdag érzékelési világ, amit egyedül ő birtokol, megszállottá teszi, egyetlen életcéljává a tökéletes illat megőrzése válik: a gyönyörű, fiatal lányok bőrének illata.

Grenouille árván nő fel Párizsban. Egy napon egy fiatal nő illata magával ragadja, ezért követni kezdi. Mikor a lány megfordul és maga mögött találja az illatát magába szívó Grenouille-t, ijedtében sikoltani akar, de a férfi elnémítja, s véletlenül meg is öli. Röviddel ezután komoly csalódás éri, mivel a frissen felfedezett csodálatos illat gyorsan elillan a lány testéről. Hamarosan munkát kap egy parfümboltban, miután bizonyosságot tesz intuitiv parfümkészítési képességéről. Kérésére munkaadója kitanítja az illatok tartósítására. További képzés céljából Grasse városába utazik a két lábán, s azt követően, hogy megtanul egy új módszert a szagok megőrzésére, megöl 13 fiatal lányt, majd illatukat sikeresen konzerválja. Az illatok folyékony kivonatát minden alkalommal egy-egy apró üvegcsébe tölti.

Grasse elöljárói nem tudnak mit kezdeni a ténnyel, hogy noha a holttesteket meztelenül találták meg, erőszaknak nincs nyoma rajtuk. Épp mikor az utolsó lány illatával elkészül a parfüm, Grenouille-t elfogják, majd halálra ítélik.

Az őrök a cellájába jönnek, hogy a város terére hurcolják, ahol a kivégzésre az egész lakosság összegyűlt. Mielőtt megragadnák, Grenouille kinyitja a parfümöt. Röviddel ezután a térre befut egy hintó, s Grenouille száll ki belőle elegáns ruhában. Felsétál a kivégzőporondra, ahol a hóhér az illatát megérezve képtelen bűnösnek gondolni, s az egész város csatlakozik hozzá. Az emberek a parfüm földöntúli illatának hatására levetik ruhájukat és szeretkezni kezdenek a téren. Később, mikor magukhoz térnek mámorukból, zavarban érzik magukat, s közös megegyezéssel örökre elfeledik a történteket, majd egy ártatlan embert vádolnak meg a gyilkosságokkal, elítélik és felakasztják.

Ezalatt Grenouille maga mögött hagyja Grasse-t és visszatér Párizsba. Ráébred, hogy még a megalkotott parfüm illata sem képes segíteni abban, hogy szeressen és hogy szeressék. Párizsban egy csoport hajléktalan előtt a megmaradt parfümöt a fejére csorgatja. Az emberek megbabonázva gyűlnek köréje. Egyre többen lesznek, mígnem teljesen elnyelik Grenouille-t, s csupán a ruháját és az üres üvegcsét hagyják hátra az utcán.